再次是瘟疫和虎患。

“流流贼，贼流流，上天差他斩人头，若有一人斩不尽，行瘟使者在后头。”

死去的人也许是幸运的。“大难将至，善人先死。”战争和饥荒，导致大批川人被杀死，饿死甚至成为“人粮”，但侥幸活下来的人，却还须承受更大的痛苦和更多的折磨。

俗话说：大灾之后必有大疫。因为大批死者长期尸骨不收，腐臭四处散播，瘟疫的肆虐成为必然。

有人变得头大如斗，脑袋肿涨赤红，这是得了“大头瘟”，

有人双眸黄大，森然挺露，有如马眼，这是得了“马眼瘟”，

有人从膝盖到脚跟，都青紫肿胀，双脚状如马蹄，这是患上了“马蹄瘟”。

这三类疫病在四川大肆传播，根本无药可医，只能眼睁睁等待死亡。因为死人太多，以致“死者朽卧床榻，无人掩埋”。

由于人烟稀少，四野荒凉，几年后，城内杂树都长成了森林。被人遗弃的野狗，因为经常吃人肉，竟变得像野兽般膘肥体壮，伸着尖利的锯牙，凶猛异常。

原本生活在深山老林里的虎豹，这时也开始成群结队出入城镇，公然在屋脊上闲庭信步。更令人惊诧的是，由于养尊处优，它们的繁殖能力激增，四川各地，到处都是虎豹。或者一二十成群，或者七八只同路，越墙上屋，登船爬楼，排队而行。有人曾在成都的城楼上，一天之内就看到十三只老虎在城墙根下大摇大摆走过。

这些吃惯了人肉的虎豹，遇到活人，咬死后并不吃完，咆哮几声就扬长而去。“白昼入城市，遗民数十家，日报为虎所害。有经数日，而一县之人俱尽残者”。

有一个叫张懋尝的人，主仆八人到荣昌（今重庆市荣昌县）上任。入城四顾无人，太阳还没落山，一群老虎突然不期而至，八人之中有五人当场被咬死。

顺治七年（1650），清朝任命的四川巡抚张春好不容易在南充县招徕了506个遗民，不长时间居然被老虎吃掉了228人。